建物
❶研究棟
❷第二研究棟
DNAの微量分析などを行うため、P2エリアを設置しています。
❸白浜水族館
展示している海洋生物は、全て白浜周辺で採取されたもので、常時およそ500種を展示しています。1930年から一般公開しています。
❹図書室
海洋探検報告と無脊椎動物分類学の関連文献が充実しており、特に1930年以降の海洋生物関係の雑誌を取り揃えています。
❺宿泊棟
宿泊棟は実習・研究利用者が利用できます。和室10室（8畳2室、10畳7室、18畳1室）を備えます。1室あたりの利用人数は状況によって変わります。大人数の利用につきましては事前にご相談ください。
宿泊棟で利用可能な物品
食堂：冷蔵庫（実習利用2台、研究利用1台）、電子レンジ2台
洗濯室：全自動洗濯機3台、衣類乾燥機2台、衣類用洗剤
浴室：シャンプー、リンス、石けん、ドライヤー3台
❻白浜海の家
京都大学学内向けの施設で、学務部が管理しています。サークルの合宿や、観光、海水浴など様々な目的に利用できます。
実験地
船舶
ヤンチナ Janthina
主要目
| 所有者 | 国立大学法人 京都大学 |
| 用途 | 小型兼用船／官公庁船（調査） |
| 使用目的 | 海洋観測、生物採集、学生実習 |
| 全長 | 17.10 m |
| 登録長 | 13.30 m |
| 全幅 | 4.10 m |
| 全深 | 2.26 m |
| 総トン数 | 12トン |
| 機関 | YANMER 6KXZS-GT（1基）、最大出力 808 ps、連続定格出力 734 ps |
| 速力 | 18.3 Kt（最大21.8 Kt） |
| 定員 | 26名（うち操船者2名*） |
| 燃料タンク | 3,000 L |
| 清水タンク | 200 L |
| 航行海域 | 近海区域 |
| 竣工 | 平成20年3月28日 |
ゾエア Zoea
主要目
| 所有者 | 国立大学法人 京都大学 |
| 用途 | 小型兼用船／官公庁船（調査） |
| 使用目的 | 海洋観測、生物採集、学生実習 |
| 全長 | 8.34 m |
| 登録長 | 7.25 m |
| 全幅 | 2.28 m |
| 全深 | 0.86 m |
| 総トン数 | 1.3トン |
| 機関 | YAMAHA船外機 F60FET、最大出力 60ps |
| 速力 | – |
| 定員 | 12名（うち操船者2名*） |
| 燃料タンク | 25 L |
| 清水タンク | – |
| 航行海域 | 限定沿海区域 |
| 竣工 | 平成21年3月4日 |
*操船者は、実験所員に限られます。
乗用車
ワゴン車2台（定員各8名*）
軽自動車1台（定員4名*）
*運転者は、実験所員に限られます。