大正11年（1922年）7月28日
京都帝國大学理学部附属瀬戸臨海研究所として、当時の瀬戸鉛山村の番所崎において桔梗平と呼ばれた地に創設。
昭和 5年（1930年）6月1日
昭和天皇行幸1周年を記念し、観覧設備を加えて水槽室を水族館として一般公開開始。
昭和12年（1937年）
官制が布かれて附属瀬戸臨海実験所と改称（初代所長 駒井卓（兼任））。
昭和30年（1955年）
水族館が博物館法に基づく博物館相当施設に指定される。
昭和43年（1968年）
畠島実験地を取得。
昭和58年（1983年）
現在の実習室を含む研究棟と宿泊棟が完成。
平成 5年（1993年）
水族館第1・3・4水槽室改修・増築竣工。
平成10年（1998年）
大学院化して理学研究科附属瀬戸臨海実験所に改称。
平成15年（2003年）
フィールド科学教育研究センター所属に改組。
平成23年（2011年）
文部科学省の教育関係共同利用拠点「黒潮海域における海洋生物の自然史科学に関するフィールド教育共同利用拠点」に認定。
平成26年（2014年）
水族館の耐震工事・改修工事の竣工。
令和3年（2021年）
研究棟の全面改修の竣工と第二研究棟の完成。
令和4年（2022年）
創立100周年を迎える。
100周年記念特設サイト